หลักสูตรศัลยศาสตร์ กำหนดระยะเวลาในการฝึกอบรมอย่างต่อเนื่อง อย่างน้อยเป็นเวลา 4 ปี (ยกเว้นในกรณีที่คณะอนุกรรมการฝึกอบรมและสอบฯ พิจารณาความเหมาะสมเป็นอย่างอื่นสำหรับผู้เข้าอบรมเฉพาะราย) โดยมีระยะเวลาการฝึกอบรมด้านศัลยศาสตร์ทั่วไปเป็นเวลาอย่างน้อย 24 เดือน เนื้อหาหลักสูตรครอบคลุมความรู้วิทยาศาสตร์พื้นฐานทางศัลยศาสตร์พื้นฐาน การวิจัยทางศัลยศาสตร์ หลักการของศัลยศาสตร์ ศัลยศาสตร์ทั่วไปคลินิก หัตถการทางศัลยศาสตร์ทั่วไป ความรู้พื้นฐานและทักษะในสาขาอื่น ๆ ของศัลยศาสตร์คลินิก ได้แก่ประสาทศัลยศาสตร์ ศัลยศาสตร์ตกแต่ง ศัลยศาสตร์ระบบทางเดินปัสสาวะ กุมารศัลยศาสตร์ ศัลยศาสตร์หัวใจหลอดเลือดและทรวงอก ศัลยศาสตร์หลอดเลือด และความรู้พื้นฐาน และทักษะในสาขาวิชาอื่นที่เกี่ยวข้อง ได้แก่ ศัลยศาสตร์ออร์โธปิดิกส์ สูติศาสตร์และนารีเวชวิทยา วิสัญญีวิทยา และเวชจริยศาสตร์
ในการฝึกอบรมฯ ภาควิชาศัลยศาสตร์ได้จัดประสบการณ์เรียนรู้ด้านทฤษฎี ซึ่งมีการบรรยายหัวข้อต่าง ๆ โดยอาจารย์ในและนอกภาควิชาฯ ตลอดจนอาจารย์ผู้ทรงคุณวุฒิจากต่างสถาบัน และด้านปฏิบัติ ซึ่งมีการออกตรวจผู้ป่วยนอก ดูแลผู้ป่วยใน อยู่เวรปฏิบัติงานที่ห้องฉุกเฉิน และในหอผู้ป่วย การผ่าตัดและช่วยผ่าตัดที่ห้องผ่าตัดเล็ก และห้องผ่าตัดใหญ่ นอกจากนี้ผู้เข้าการฝึกอบรมจะได้เรียนรู้ขั้นตอนของการทำโครงการวิจัย ซึ่งเป็นข้อกำหนดของราชวิทยาลัยฯ ให้ผู้เข้ารับการฝึกอบรมต้องทำโครงการวิจัยอย่างน้อย 1 เรื่อง เพื่อนำเสนอในที่ประชุมวิชาการระดับภูมิภาค หรือระดับประเทศ และ/หรือลงตีพิมพ์ในวารสารทางวิชาการที่เป็นที่ยอมรับโดยทั่วไป
ภาควิชาฯ สนับสนุนให้มีการศึกษาค้นคว้าด้วยตนเองจากสื่อต่าง ๆ ซึ่งภาควิชาฯ จัดเตรียมให้ ได้แก่ ห้องสมุดแพทย์ประจำบ้านศัลยศาสตร์ ห้องฝึกหัตถการ และศึกษาจากเครือข่าย Internet ซึ่งเชื่อมโยงไปยังห้องพักแพทย์ ห้องสมุดภาควิชาฯ และหอผู้ป่วย นอกจากนี้ภาควิชาฯ ได้ส่งเสริมให้แพทย์ใช้ทุนและแพทย์ประจำบ้านเข้าร่วมกิจกรรมวิชาการ ซึ่งจัดโดยราชวิทยาลัยศัลยแพทย์ฯ หรือสถาบันส่วนกลาง เช่น การประชุม interhospital grand round, surgical review หรือการประชุมทางศัลยศัลยศาสตร์เฉพาะทางที่น่าสนใจ